倾向CD诊断：
肛周病变（尤其是肛瘘/肛周脓肿），并发瘘管、腹腔脓肿；
疑为CD的肠外表现如反复发作口腔溃疡、皮肤结节性红斑等；
结肠镜下见典型的纵行溃疡、典型的卵石样外观、病变累及≥4个肠段、病变累及直肠肛管
倾向肠结核诊断：
伴活动性肺结核，结核菌素试验强阳性；
结肠镜下见典型的环形溃疡、回盲瓣口固定开放；
活检见肉芽肿分布在黏膜固有层且数目多、直径大（长径＞um）、特别是有融合，抗酸染色阳性。
活检组织结核杆菌DNA检测阳性有助肠结核诊断。
γ-干扰素释放试验（如T-SPOT﹒TB）阴性有助排除肠结核；
CT检查见腹腔肿大淋巴结坏死有助肠结核诊断
鉴别仍有困难者，予诊断性抗结核治疗，治疗数周内（2～4周）症状明显改善，并于2～3个月后肠镜复查病变痊愈或明显好转，支持肠结核，可继续完成正规抗结核疗程。
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